Dikutip dari situs Kemlu, Indonesia dan Slovakia telah menjalin hubungan diplomatik yang baik sejak 1993. Kunjungan Tingkat Tinggi dilakukan pada tahun 2002 era Presiden Megawati dan tahun 2011 dilakukan kunjungan balasan oleh Presiden Slowakia ke Indonesia.
Pada kesempatan kunjungan kenegaraan Presiden Slovakia ke Indonesia, 9-12 Oktober 2011, telah disepakati peningkatan hubungan bilateral pada 9 sektor prioritas yaitu: (1) Ketahanan Pangan, (2) Energi Terbarukan, (3) Perdagangan dan Investasi, (4)Perbankan, (5)Media Massa dan Penyiaran, (6) Kerjasama antar Lembaga Pendidikan Tinggi, (7) Infrastruktur dan Manufaktur, (8) Pariwisata, (9) People-to-people Contact (Kerjasama sosial dan budaya).
Pemerintah Indonesia memiliki 17 (tujuh belas) perjanjian bilateral yang telah ditandatangani antara Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Slowakia.
Saat ini, Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Slovakia sedang menjajaki penandatanganan MoU di bidang pertahanan. Sejalan dengan pembahasan MoU tersebut, Perusahaan Indonesia di bidang peralatan militer (Republik Defesindo) pun melakukan penjajakan pembelian peralatan militer (alat komunikasi militer, amunisi artileri, kendaraan amfibi baja beroda rantai).
