Sebelum meraih berbagai prestasi dengan Mohammad Ahsan, Hendra Setiawan telah mencapai kesuksesan besar dengan Almarhum Markis Kido. Pasangan Kido/Hendra muda ini mampu mendominasi sektor ganda putra hingga menjadi pasangan terbaik dan menduduki peringkat satu dunia pada tahun 2007. Mereka berhasil memenangkan medali emas di SEA Games 2005 Manila, gelar Asian Badminton Championship 2005, serta BWF World Championship 2007, dan meraih emas di Asian Games 2010 China. Prestasi yang paling dikenang dari Markis Kido bersama Hendra Setiawan adalah keberhasilan mereka meraih emas di Olimpiade Beijing 2008, setelah mengalahkan ganda putra asal Tiongkok, Cai Yun dan Fu Haifeng, dalam partai final dengan rubber game 12-21, 21-11, 21-16 pada 16 Agustus 2008 silam.
