Kasus dugaan korupsi importasi gula di Kementerian Perdagangan pada tahun 2015–2016 menyeret Tom Lembong ke meja hijau. Tom Lembong didakwa merugikan keuangan negara sebesar Rp578,1 miliar karena dianggap menerbitkan surat pengakuan impor gula kristal mentah tanpa prosedur yang benar. Surat tersebut diberikan kepada 10 perusahaan tanpa koordinasi antarkementerian dan tanpa rekomendasi dari Kementerian Perindustrian. Perusahaan-perusahaan tersebut diduga ingin mengimpor gula kristal mentah untuk diolah menjadi gula kristal putih. Namun, Tom Lembong mengetahui bahwa perusahaan-perusahaan tersebut seharusnya tidak berhak melakukan proses tersebut karena seharusnya dilakukan oleh perusahaan gula rafinasi.
Selain itu, Tom Lembong tidak mengarahkan perusahaan BUMN untuk mengendalikan ketersediaan dan harga gula. Sebaliknya, ia malah menunjuk beberapa induk koperasi seperti Inkopkar, Inkoppol, Puskopol, dan SKKP TNI/Polri. Terkait perbuatannya ini, Tom Lembong kini menghadapi ancaman pidana sesuai dengan Undang-Undang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi. Tom Lembong dihadapkan pada Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 juncto Pasal 18 Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi sebagaimana diubah dan ditambah dengan UU Nomor 20 Tahun 2001 jo. Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.


