Indonesia memiliki empat wakil di babak perempat final BAC 2024. Selain Jonatan, mereka adalah Anthony Sinisuka Ginting di tunggal putra, Gregoria Mariska Tunjung di tunggal putri, dan Fajar Alfian/Muhammad Rian Ardianto di ganda putra.
Jumlah kontingen Merah Putih terpangkas lebih dari setengah setelah delapan wakil kandas di putaran pertama. Dua wakil lain kemudian kandas di perdelapan final sehingga tidak ada andalan tersisa di nomor ganda putri dan ganda campuran.
Tunggal putri juga kehilangan wakil menyusul tersisihnya Gregoria.
